Środki alokowane dla Polski w latach 2007-2013 będą wydatkowane zgodnie z podstawowym polskim dokumentem strategicznym, jakim są Narodowe Strategiczne Ramy Odniesienia 2007-2013.

Cele ujęte w tym dokumencie mają zostać osiągnięte poprzez realizację programów operacyjnych:
- Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013,
- Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko,
- Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej 2007-2013,
- Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki,
- regionalnych programów operacyjnych.

Programem w najwyższym stopniu zorientowanym na zwiększenie nakładów inwestycyjnych przedsiębiorstw koniecznych dla wzmocnienia ich roli na rynku unijnym jest Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013. Jest on w całości skierowany na wsparcie przedsiębiorstw celem zwiększenia ich innowacyjności i obejmuje działania dotyczące bezpośredniego wsparcia finansowego firm oraz inne, służące pośredniemu wzmocnieniu przedsiębiorstw. Podstawowym wyznacznikiem decydującym o możliwościach skorzystania ze środków przeznaczonych na realizację programu, będzie określenie stopnia innowacyjności planowanego przedsięwzięcia. Pojęcie występujące już w tytule dokumentu w pełni oddaje cele i założenia programu, który ogranicza zakres możliwych do realizacji przedsięwzięć tylko do tych charakteryzujących się wysokim stopniem nowoczesności, dużym oddziaływaniem, znaczną wartością dodaną oraz ograniczonym wpływem na środowisko.

W ramach programu realizowane będą tylko projekty o średnim – krajowym lub wysokim – międzynarodowym stopniu innowacyjności. W odróżnieniu od prezentowanego wyżej Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013, Program Operacyjny Kapitał Ludzki służyć ma zaspokojeniu zupełnie innych potrzeb niż inwestycyjne. Jego celem jest szeroko pojęta poprawa zasobów ludzkich, w tym, między innymi, poprzez wzrost kwalifikacji i umiejętności pracowników, zwiększenie wydajności pracy oraz zmniejszenie absencji chorobowej. Podczas gdy, w PO IG szkolenia mogą stanowić tylko dopełnienie projektu, a nie jego zasadniczą część i dotyczyć na przykład obsługi urządzenia zakupionego w ramach projektu, w Programie Operacyjnym Kapitał Ludzki realizowane mogą być kompleksowe projekty szkoleniowe.

Ze względu na całkowitą zmianę systemu wdrażania funduszy strukturalnych w Polsce oraz dużo większy strumień unijnych środków pieniężnych, znacząco wzrośnie rola instytucji zaangażowanych w zarządzanie funduszami w poszczególnych województwach. Podstawową zmianą, w stosunku do poprzedniego okresu programowania (lata 2004-2006), jest odejście od tworzenia zintegrowanego programu operacyjnego – wspólnego dla wszystkich regionów – i zastąpienie go szesnastoma różnymi dokumentami przygotowanymi przez poszczególne zarządy województw. Wprowadzenie powyższej zmiany podyktowane zostało koniecznością lepszego dostosowania celów i priorytetów programów do specyficznych potrzeb inwestycyjnych i społecznych regionów, a możliwe było nie tylko dzięki doświadczeniom zebranym przez regionalne instytucje we wdrażaniu wcześniejszych programów, ale również ze względu na dłuższy okres zaplanowany na ich opracowanie.