Należy zwrócić uwagę na nowo wprowadzone rozwiązanie tzw. elastycznego finansowania (cross-financing). Mechanizm pozwala w pewnym, ograniczonym zakresie na finansowanie projektów należących do obszaru interwencji jednego funduszu środkami innego funduszu. Umożliwia on, na przykład, w projektach inwestycyjnych przeszkolenie personelu, jeśli działanie takie będzie konieczne dla osiągnięcia celów przedsięwzięcia.

Podobnie, w projektach natury społecznej, mechanizm sfinansuje zakup niezbędnego wyposażenia czy środków trwałych. Stosowanie cross-financing’u jest ograniczone do należycie uzasadnionych przypadków, przy czym, wartość środków wykorzystanych na mechanizm nie może przekroczyć 10 proc. na poziomie priorytetu programu. Dopuszczalność stosowania mechanizmu elastycznego finansowania w poszczególnych typach projektów zostanie określona w dokumentach szczegółowych do programów operacyjnych.